Slovenská ekologická spoločnosť môže udeliť nasledujúce ceny a vyznamenania:

Čestné členstvo
Najvyššie vyznamenanie SEKOS. Čestným členom Spoločnosti sa môže stať významný domáci alebo zahraničný vedecký pracovník, ktorý sa zvlášť zaslúžil o rozvoj ekológie ako vedy.

Pamätná medaila
Spoločnosť udeľuje pamätnú medailu osobám, ktoré sa mimoriadnymi výsledkami vo vedeckej práci alebo svojou odbornou činnosťou zaslúžili o rozvoj ekologických vied a ich uplatnenie v praxi.

Cena mladým vedeckým pracovníkom
Cenu mladým vedeckým pracovníkom udeľuje Spoločnosť za publikovanie pôvodných vedeckých a odborných prác ekologického zamerania.