Cieľom sekcie aplikovanej ekológie je transformácia a prenos ekologických poznatkov z oblasti teoretickej do roviny aplikačnej s cieľom usmernenia rozvoja ľudských aktivít v krajine v súlade s jej ekologickými podmienkami a procesmi. Snahou tohto procesu transportu ekologických poznatkov do jednotlivých sfér spoločenského rozvoja, ktorý vo všeobecnosti možno nazvať ekologizáciou hospodárenia v krajine je jednak prevencia ako i eliminácia súčasných ekologických problémov. Hlavné smery rozvoja aplikovanej ekológie možno zhrnúť do nasledovných okruhov:

• ekologizácia jednotlivých sfér hospodárskeho rozvoja - ekologizácia poľnohospodárstva, lesného a vodného hospodárstva a pod. s cieľom ochrany jednotlivých prírodných zdrojov
• ekologizácia technologických procesov zameraných na ochranu prírodných zdrojov a bezprostredného životného prostredia človeka - technológie ochrany vody, ovzdušia, zaobchádzanie s odpadmi a pod.
• ekologizácia priestorového a funkčného využitia krajiny s cieľom ochrany biodiverzity, stability, ochrany prírody a krajiny.
• Hlavné smery aktivít sekcie aplikovanej ekológie budú venované presadzovaniu myšlienky ekologizácie hospodárenia v krajine a budú pozostávať z nasledovných oblastí:
• vypracovávanie koncepcií, metodík, metód a technológií zameraných na ochranu prírody, prírodných zdrojov, stability a diverzity krajiny a životného prostredia
• presadzovanie ekologizácie legislatívnych a ekonomických nástrojov, zameraných na ochranu a tvorbu životného prostredia - spolupráca pri tvorbe a posudzovaní právnych noriem, upravujúcich správanie sa človeka v krajine
• zvyšovanie ekologizácie spoločenského vedomia - organizácia odborných a vedeckých podujatí, venovaných problémom aplikovanej ekológie, vydávanie odbornej literatúry a propagačných materiálov, zameraných na presadzovanie ekologických myšlienok, organizovanie odborných prednášok z danej problematiky a pod.

Vedúci sekcie: prof. Ing. Ivan Vološčuk, DrSc.