Slovenská ekologická spoločnosť bola založená na podporu rozvoja ekológie ako vedy na Slovensku. Spoločnosť vyvíja koncepčnú činnosť v  oblasti ekológie, organizuje, prehlbuje a koordinuje spoluprácu svojich členov pôsobiacich vo vede, na školách a v praxi, snaží sa pomáhať svojim členom v ich odbornej činnosti a prispievať k zvyšovaniu ich odbornej úrovne so zvláštnym zreteľom na mladých pracovníkov. Dôležitou súčasťou práce Spoločnosti je rozširovanie a sprístupňovanie nových poznatkov ekologickej teórie a praxe. Medzi významné aktivity Spoločnosti patrí organizovanie seminárov a sympózií z viacerých oblastí ekológie. Spoločnosť podporuje výučbu ekológie na univerzitách, postgraduálne štúdium, ale tiež ekologické a environmentálne vzdelávanie na školách všetkých stupňov. Spoločnosť vyvíja aj publikačné aktivity - členský spravodaj SEKOS Bulletin slúži na informovanie členov o aktuálnom dianí v oblasti ekológie a príbuzných disciplín, monografická séria Ekologické štúdie je určená pre publikovanie rozsiahlejších prác z rôznych oblastí ekológie.
Spoločnosť  vyvíja značnú časť svojich aktivít prostredníctvom sekcií a pracovných skupín. Spoločnosť má v súčasnosti tieto sekcie: všeobecnej a teoretickej ekológie, populačnej ekológie, ekológie ekosystémov, krajinnej ekológie, environmentálnej ekológie, aplikovanej ekológie a ekológie vysokých pohorí. Okrem toho má tieto pracovné skupiny: pracovná skupina pre ekosozológiu, pracovná skupina pre prípravu Komory ekológov, pracovná skupina pre prípravu terminologického slovníka ekológie.
Slovenská ekologická spoločnosť pri SAV môže udeliť nasledujúce ceny a vyznamenania: čestné členstvo v SEKOS, pamätnú medailu a cena mladým vedeckým pracovníkom.